Izin penyelenggaraan program studi dan pendirian universitas madako Berdasarkan pada izin penyelenggaraan dari Departemen Pendidikan Nasional, Dirjen Pendidikan Tinggi berdasarkan SK Menteri Pendidikan Nasional RI Nomor 76/D/O/2001. Universitas Madako Tolitoli yang di selenggarakan oleh Yayasan Pendidikan Tolitoli. Program studi ini merupakan salah satu program studi pada Fakultas Perikanan Universitas Madako Tolitoli. Sejak tahun 2001 program studi ini telah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional (BAN-PT) melalui Surat Keputusan Nomor 204/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2014.
Fakultas Perikanan didirikan pada Tanggal 5 Juli 2001, dengan Nomor 76/D/O/2001, yang terdiri dari 1 (Satu) Prodi yaitu Budidaya Perairan. Fakultas Perikanan UMADA merupakan salah satu fakultas di Universitas Madako Tolitoli yang memiliki struktur organisasi bersifat koordinatif dengan tugas dan fungsi yang jelas dari masing-masing unit. Fakultas Perikanan UMADA dipimpin oleh Dekan dan dibantu oleh satu Wakil Dekan. Pelaksanaan kegiatan akademik, Dekan melakukan koordinasi dengan Wakil Dekan